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杜君英立马率部逃亡出走，这让义军的战力受到了极大削弱。清朝派来的将领也不是弱者，康熙亲自点将，派遣的是福建水师提督施世骠、南澳总兵蓝廷珍，带领着精锐的水陆大军逼近。6月16日清军从鹿耳门登陆，却立刻听说了起义军内部杜君英的叛逃消息。
施世骠明白镇压朱一贵起义还是要拉一派打一派，于是施世骠立刻派人去找杜君英了。杜君英脱离了朱一贵以后正愁没办法洗白呢——他自视甚高，认为朱一贵离开了他就成不了大事（虽然事实如此，起义军实力被削弱，就注定打不过了）。于是杜君英立刻和施世骠派来的手下见面了。
杜君英开门见山：“若我归顺朝廷，可继续为民否？”杜君英的姿态摆得很低，并没有依靠自己的势力要求当官，这让使者听着很舒心。使者道：“杜壮士若能归顺朝廷，协助朝廷平叛，莫说继续为民，朝廷定有重赏。只要你能劝降部分叛军，或在战场上立功，加官进爵也并非不可能。”杜君英听后，心中一动，他本就为了权力，如今有此机会，自然不愿错过。当下便与使者商定了合作事宜，准备协助清军攻打朱一贵。
而朱一贵得知杜君英投靠清军后，又气又急，却也只能强撑着组织剩余义军抵抗。此时义军人心惶惶，战斗力大不如前。施世骠和蓝廷珍率领清军，在杜君英的指引下，对义军展开了猛烈攻击。朱一贵虽奋力抵抗，但在清军和杜君英的夹击下，义军节节败退。没过多久，朱一贵的起义军便被彻底镇压。
清军攻陷台湾府城，朱一贵退守沟尾庄。7月，朱一贵的部下杨旭、杨雄等叛变，设计灌醉朱一贵，将他交给了清军，朱一贵被俘，押送到京城等待斩首。
朱一贵只有一身蛮勇，知道自己难逃一死反而什么也不怕了。康熙在上朝时见到了这名噪一时的朱一贵。康熙虽然知道朱一贵起义事出有因，但作为皇帝在朝堂公审，必然还是要拿出该有的威严，康熙质问道：“你们口口声声说台湾官吏贪污腐败，为什么不选择向福建巡抚之类的大官检举？”
朱一贵不屑道：“狗皇帝你没点数吗？都到台湾做官了，哪个不是个顶个的混蛋？不是混蛋还不会被贬到台湾来呢！更何况，台湾是个孤岛，王珍让我们出海捕鱼都要给他钱才行，还跨过大海去找知府？我看你就是那啥…哦对，就是读书人说的，何不食肉糜！”
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