艾莉丝对这份计划表示了认可，并立即批准了实施。在接下来的几个月里，联盟各个星球都进入了紧张的建设和发展阶段。新型战舰的建造工作在各个造船厂有条不紊地进行着，科研人员们日夜奋战，研发出了一种新型的能量武器，这种武器具有强大的破坏力，能够对敌人造成巨大的威胁。
而艾莉丝带领的科研探索小队，也在宇宙中展开了漫长的探索之旅。他们沿着特殊能量波动的频率，穿越了一个又一个星系。在探索过程中，他们遭遇了各种危险和挑战。有一次，他们的舰队在经过一个黑洞附近时，突然受到了强大的引力干扰，战舰的引擎系统出现了故障。艾莉丝和船员们迅速展开抢修，经过几个小时的努力，终于成功修复了引擎，摆脱了黑洞的引力。
经过数月的艰苦探索，科研探索小队终于在一个偏远的星系中，发现了一座隐藏在星云深处的远古遗迹。这座遗迹与之前发现的遗迹有着相似的建筑风格，但规模更加庞大，结构也更加复杂。艾莉丝和队员们小心翼翼地进入了遗迹内部。
遗迹内部弥漫着一股神秘的气息，墙壁上刻满了各种奇异的符号和图案。科研人员们立刻使用设备对遗迹进行扫描和分析。随着研究的深入，他们发现这座遗迹中隐藏着一个巨大的秘密。原来，远古文明在封印“时空之门”后，预感到未来还会有更强大的敌人出现，于是他们在宇宙中建造了多个这样的遗迹，并在遗迹中留下了一种强大的防御武器的设计图和制造方法。
艾莉丝得知这个消息后，心中十分激动。她知道，这种防御武器对于联盟来说至关重要，如果能够成功制造出来，将大大提升联盟的防御能力。于是，她立刻命令科研人员将遗迹中的相关数据全部采集下来，并带回联盟总部进行研究和制造。
在返回联盟总部的途中，艾莉丝收到了卡尔的紧急通讯。卡尔的声音中充满了焦急：“指挥官，不好了！我们发现神秘势力并没有完全消失，他们在一个偏远的星球上重新集结，似乎在谋划着新的阴谋。而且，我们还探测到这个星球上出现了一股强大的能量波动，与我们之前研究的神秘能量十分相似。”
艾莉丝心中一紧，她意识到新的危机已经来临。她立刻命令舰队加快速度返回联盟总部，并与卡尔商讨应对策略。回到联盟总部后，艾莉丝顾不上休息，便召集了所有的军事将领和科研人员，召开了一场紧急会议。