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矿藏资源
神农架处于扬子淮地台上扬子坪之鄂中断区内，为一断穹构造。地层出露以前寒武系为主，由轻微变质岩种海相碳酸盐岩、碎屑岩组成，兼有辉绿岩、辉长岩和多项火山喷发岩分布，因此，神农架成矿条件优越，有较丰富的矿藏。神农架已探明的矿种有磷矿、铁矿、镁矿、铅锌矿、硅矿、铜矿、建筑石材等15种（不含砂石、粘土），共有各类矿床（点）53处，其中主要矿种有磷矿、铁矿、铜矿、镁矿、铅锌矿、硅矿等。现已探明磷矿储量为万吨，铁矿储量为2029.4万吨，已查明铅锌矿金属量为50多万吨，铜矿储量为117.6万吨，镁矿储量为37.1万吨，硅矿储量为850万吨。
水利资源
神农架是湖北长江和汉江的分水岭。神农架林区共有四大水系，分为香溪河、沿渡河、南河、堵河四大流域，境内有大小河流317条，其中：超过1000平方公里的河流1条。神农架的水能资源十分丰富，年平均降水总量为36.44亿立方米，多年平均径流总量为22.004亿立方米，水资源总量为22—25亿立方米。神农架林区河谷具明显幼年期特征，河谷陡险，横断面多呈“v”形，坡降大，水流急，受特定的地理条件制约，神农架水资源除少量的农业灌溉用水、工业用水和社会生活用水外，主要是在水能资源的开发利用上。
生物资源
神农架已初步查明有高等维管束植物199科872属3183种，真菌、地衣共927种；其中属于国家重点保护植物有76种，如珙桐、光叶珙桐，连香树、水青树、香果树等；属于神农架鄂西特有植物42种，如汉白杨、红坪杏等。药用植物超过1800多种，以“天然药园”驰名中外。神农架现有脊椎动物493种。神农架蕴藏着丰富的昆虫资源，计有28目157科4143种。有国家重点保护野生动物73种。此外，还先后发现了30多种白化动物，如白林麝、白鬣羚、白蛇、白熊等。白化动物多也是区内动物资源的一个鲜明特点。
按照中国动物地理区划，神农架属东洋界、华中区、西部山地高原亚区。出现了南方和北方物种混杂现象，表现出过渡性特征。
20世纪60年代前，神农架基本处于封闭状态，为人迹罕至的原始森林。1980年才有神农架存在金丝猴的报道。主要栖息在海拔1700—3100 米之间的针叶林和针阔叶混交林中，集中分布在保护区西片的东部区域，现有金丝猴种群1200余只。
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