这些分舰队兵力同样很强大，但还包含了防守任务，而且主力舰也大多都是二代战舰，作战能力无法跟主力舰队相比。
然后，就是各地的防御舰队。
这些防御舰队基本上就是镇守重要星球的舰队，这些战舰普遍都是比较落后的战舰，基本不会被调遣出来执行作战任务，而且编制不断在变化。因为不断有一线战舰因为技术更迭或者受创严重而被划归二线，被编入防御舰队，也不断有防御舰队的战舰因为舰龄老化或者编制已满，而再次下放。
基本来说，规模较大的防御舰队主要有以下几支：奇斯领防御舰队、哈文星区防御舰队、雅戈-杜尔星球工程团、开拓者星区防御舰队、伦迪利星球防御舰队、曼达洛特别防御区舰队、基拉星球防御舰队。
需要提到的是，黎明王国新生产的作战能力堪比主力舰的第二代重巡洋舰，已经不会配属给这些防御舰队，这些舰队里面的重巡洋舰，就是很普通的重巡洋舰。
在其中，奇斯领防御舰队数量最为庞大，但是其中一半的战舰都是奇斯领自己生产的，作战性能和黎明王国的战舰有较大的差距。这支舰队目前包括主力舰150艘，重巡洋舰80艘，中小型战舰2500艘。
这支舰队的结构非常复杂，不仅有奇斯领的战舰，还有光明神国基尔吉那些附属国投降过来的舰队，战斗力参差不齐。
开拓者星区防御舰队包括主力舰60艘，重巡洋舰20艘，中小型战舰4000艘。这支舰队需要巡视的空间范围最为广阔，但是周边也并没有被探明还存在什么威胁，毕竟腐烂之神蒙加尔-蒙加尔已经把这片星区绝大部分的种族都灭绝了。
需要提出的是，开拓者星区的舰队里面，有30艘主力舰、全部重巡洋舰和500艘中小型战舰，都是以前缴获的西鲁帝国战舰，这些战舰经过改装，去除了生物电池之后，编入防御舰队序列。
当然，这些战舰也就勉强用用了。
哈文星区防御舰队，就是一支纯粹的本土防御舰队，包括主力舰50艘，中小型战舰1500艘。